Pasados tres años desde la firma del Acuerdo, desde el ODTPI de la STI-CNTI se elaboró el informe Asesinatos contra pueblos indígenas: violencia en tiempos de Paz 2016-2019, en el que se analizaban los desafíos derivados de la evolución del conflicto armado, caracterizado en ese momento por el fortalecimiento de las estructuras armadas ilegales y el surgimiento de nuevos grupos armados, así como por la ausencia de políticas estatales de acceso a servicios públicos básicos y de seguridad para la población. Situación que empeoraba a favor de los beneficios de intereses específicos de grupos económicos para la explotación (y el despojo) de los recursos naturales.
El panorama se advertía entonces óptimo para la violación de derechos. Concluyendo que la tendencia de la violencia hacia las comunidades indígenas iba a ir en aumento focalizándose como venía sucediendo en el Cauca. Los actores armados se disputaban el control territorial, manejando las rutas del narcotráfico en un contexto de creciente militarización del territorio y aumento progresivo de proyectos extractivos, agroindustriales, de infraestructura y de hidrocarburos por parte de empresas nacionales e internacionales en los territorios indígenas.