Desde el ODTPI se ha apostado por las investigaciones como herramientas para la protección de los derechos territoriales y ambientales y como escenario de fortalecimiento de las capacidades de las comunidades y pueblos indígenas en el conocimiento de sus derechos, de los alcances de la autonomía territorial y de su relación con el ambiente. En este marco ha construido un documento en el que se reflexiona sobre el Territorio y la gobernanza en riesgo: efectos de la deforestación en territorios indígenas, como un aporte a las discusiones sobre la deforestación desde el punto de vista indígena. Este esfuerzo supone abordar los principales factores políticos, económicos y socioculturales que impulsan la deforestación en la región Amazónica, en la que los pueblos indígenas han habitado durante siglos y que hoy presenta en el arco de deforestación los más altos índices de riesgo o pérdida de bosque y biodiversidad.